Una vez instalado Linux, este será el sistema operativo que se inicie por defecto. Para escoger otro sistema operativo habrá que escribir el nombre que se le puso a la partición en el LILO (Linux Loader). Este aparecerá una vez el sistema ha sido reiniciado, y el computador haya revisado el hardware:
LILO boot:
LILO tardará 10 segundos, dando la oportunidad de escoger el sistema por el cual el computador arranca. Usando la tecla [tab] se puede ver las opciones disponibles. Con la tecla [return] arranca en el sistema que se colocó por defecto. Según lo que se ha hecho hasta ahora, se escribe linux para arrancar LINUX y dos para DOS/Windows.
Si LILO inicia tan rápido el sistema operativo que tenga por defecto que no se tiene tiempo de escribir nada, o cuando se escribe no aparece nada en pantalla, se pulsa la tecla shift (la tecla de las mayúsculas de la derecha).